В 1921 году в г. Оренбурге под руководством Ахмета Байтурсынова был открыт Академический центр.

В 1932 г. Академический центр был преобразован в научно-методический кабинет, а в 1933 г. в педагогический научно-исследовательский институт.

В 1966 году научно-исследовательскому институту педагогических наук было присвоено имя Ибрая Алтынсарина.

В 1998 году Казахский институт проблем образования им. И.Алтынсарина был реорганизован в Казахскую академию образования имени И.Алтынсарина.

В 2008 году было создано Республиканское государственное казенное предприятие «Национальная академия образования имени И.Алтынсарина».

Постановлением Правительства Республики Казахстан от 30 декабря 2020 года № 951 «О некоторых вопросах Министерства образования и науки Республики Казахстан» РГКП «Национальная академия образования имени И.Алтынсарина» реорганизовано в республиканское государственное предприятие на праве хозяйственного ведения.