1921 жылы Орынбор қаласында Ахмет Байтұрсынұлының басқаруымен Академиялық орталық ашылды.

1932–1933 жылы Ғылыми-әдістемелік кабинет, Педагогикалық ғылыми-зерттеу институты болып қайта құрылды.

1966 жылы Педагогикалық ғылыми-зерттеу институтына Ыбырай Алтынсарин есімі берілді.

1998 жылы Қазақ білім проблемалары институты Ы. Алтынсарин атындағы Қазақ білім академиясы болып өзгерді.

2008 жылы «Ы. Алтынсарин атындағы Ұлттық білім академиясы» республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорны құрылды.

2020 жылғы 30 желтоқсандағы Қазақстан Республикасы Үкіметінің №951 қаулысымен «Ы. Алтынсарин атындағы Ұлттық білім академиясы» шаруашылық жүргізу құқығындағы республикалық мемлекеттік кәсіпорны болып қайта ұйымдастырылды.